――かつて、「中ノ鳥島」という日本領の島があった。いや、あることになっていた。1908（明治41）年8月8日、日本政府は中ノ鳥島の領有を公式に宣言し、東京府小笠原島庁に編入した。山田禎三郎なる人物がこの島を発見したと報告してきたのを信用してのことである。だが38年後の1946（昭和21）年11月22日、この島は存在しないものとして海図から消されてしまった。中ノ鳥島は果たして実在していたのか、それとも架空の島だったのか？ いったいなぜ、こんな奇妙なことが起こったのか……？
――1952（昭和27）年9月17日。伊豆諸島南方海上のベヨネース列岩附近で、海底火山が激しい噴火活動を繰り広げ、新島を形成しつつあるのが発見された。発見した船の名前を取って「明神礁」と名づけられたこの新島を調査するため、東京水産大学は調査船・神鷹丸を、続いて海上保安庁水路部は測量船・第五海洋丸を派遣した。だが、第五海洋丸はそのまま消息を断ち、そして二度と帰って来ることはなかった……。
――1529年、スペインの探検家サアベドラ＝イ＝セロンは、マリアナ諸島の北東約375マイルの地点で、二つの小さな島を「発見」し、ロス＝ジャルディン諸島と命名した。南鳥島とマリアナ諸島のちょうど中間である。1543年にはスペインのビリャロボス、1788年にはイギリスのジョン・マーシャルがこの島を見ている。1933年、アメリカ海軍の軍艦ラマポは、徹底した調査の結果、この島は存在しないと断定した。しかしながら、日本の海図には1972年までこの島が描かれ続けていた……。
――1788年4月5日、イギリスの航海家ジョン・ミアーズは、北緯25度40分・東経146度40分、火山列島と南鳥島とのちょうど中間地点で、いくつかの島を発見し、グランパス諸島と命名した。その後、この島ははっきりとは再確認されないまま、長く海図に載り続けた。明治に入って南洋開拓熱が次第に高まってくると、この幻の島に興味を持った日本人が、次々とこの島の探検を試みる。そしてそのうちの一人、水谷新六は、ひょんなことから南鳥島の領有に一役買うことになる……。
――1810年、エストニア人ゲデンシュトロムの探検隊に参加していたエヴェンキ人の猟師ヤコフ・サンニコフは、北極海・ノヴォシビルスキー諸島のはるか北方に島が浮かんでいるのを見た、と思った。それがサンニコフ島追求の始まりだった。その後、多くの探検家たちがこのまぼろしの島に関わることになる。アンジュー、デ＝ロング、ナンセン、ブンゲ、トーリ、ヴィリキツキー……。130年間にわたり、何人もの犠牲者を出した追求の結果、ついに20世紀半ば、この島の存在は完全に否定された。だが、それで全てが終わったわけではなかった……。
――1977（昭和52）年1月9日、南硫黄島南東海上で、旅客機が海底火山の活動を目撃した。新島がすぐにも生まれるかもしれない、その可能性に日本国内は沸き立った。だが、この海底火山は、最寄の日本領である南硫黄島から約90kmも離れた公海上、という微妙な位置にあった。そして、アメリカも以前よりこの附近の海底火山に興味を示していたのである。おまけに、なぜかソ連の調査船までこの海域をうろつき出して……。
――かつて、大分県の別府湾には、「瓜生島」という大きな島が浮かんでいたという。だが、文禄5（慶長元）年閏七月（1596年9月）のある日、突然、地震とともに海の底に沈んでしまったのだという。しかし、「瓜生島」が存在していたはずの時代の史料をいくら探しても、「瓜生島」という地名の記録は見つからない。ただし、別府湾岸にあった「沖ノ浜」という港が地震により滅んだことは、はっきりとした記録に残されている。戦国時代後期、南蛮貿易で繁栄を極めた「沖ノ浜」港。この「沖ノ浜」こそが「瓜生島」なのか？ それとも……。
――沖ノ鳥島は、いつ、誰が発見したのか？ いつ、どのようないきさつで日本領になったのか？ まぼろしの沖ノ鳥島灯台・気象観測所建設計画とは何か？ 1987年、沖ノ鳥島の「消滅」が国家的問題として急浮上したのはなぜか？ 今にも沈みそうな沖ノ鳥島だが、本当に島といっていいのか？ 日本政府はなぜ沖ノ鳥島を埋め立ててしっかりとした島にしないのか？ などなど、日本最南端の孤島・沖ノ鳥島の秘密を探る。